GBI Mawar Saron berdiri pada tanggal 25 Februari 1978 di Jakarta Pusat ketika Pdt. Dr. Jacob Nahuway, MA kembali menamatkan pendidikan Master of Arts dalam bidang Pertumbuhan Gereja di Korea Selatan.

Dimulai dari jemaat yang berjumlah tidak kurang dari dua puluh orang menjadi ratusan hingga ribuan, membuat gereja berpindah-pindah tempat karena belum memiliki gedung ibadah permanen. Hingga pada tanggal 19 Desember 1992 membeli sebidang tanah berukuran 9870 m2 di Kelapa Gading Permai, Jakarta Utara, yang menjadi lokasi permanen hingga saat ini. Beragam gedung dan fasilitas telah dibangun untuk menjawab kebutuhan Jemaat dan masyarakat umum.

Pada tanggal 2 Februari 2021, Pdt. Dr. Jacob Nahuway, MA berpulang ke surga dan Pdt. Yohannes Nahuway, M.Th dipercayakan untuk melanjutkan penggembalaan dan ditahbiskan oleh sinode Gereja Bethel Indonesia pada tanggal 25 Februari 2021.

GBI Mawar Saron telah menjadi rumah bagi ribuan orang untuk mengenal kasih Kristus dan mengalami lawatan Tuhan setiap hari, minggu, bulan, dan tahun demi tahun. Saat ini GBI Mawar Saron sudah memiliki cabang-cabang gereja di wilayah Bekasi, Bogor, Tangerang, Lampung, dan juga di negara Belanda dan Italia.

GBI Mawar Saron turut aktif melakukan kegiatan-kegiatan sosial untuk membantu masyarakat sekitar dan menjadi tempat untuk masyarakat mengadakan beragam kegiatan sosial di tingkat kelurahan, kecamatan, bahkan kota Jakarta Utara.